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964拷贝数正常
不正常。
绝大多数的基因拷贝数只有一个。拷贝数，是指某基因（可以是质粒）在某一生物的基因组中的个数。单拷贝就是该基因在该生物基因组中只有一个，多拷贝则指有多个。
bcr-abl210内参基因拷贝数
一般来说一个基因都是两个拷贝，bcr-abl容易变异，形成多份拷贝，表达量也就是拷贝数自然就高了。bcr-abl(210)基因拷贝数达到25.4，说明这个基因发生了变异。
参考资料：
拷贝数就是指某基因（可以是质粒）在某一生物的基因组中的个数. 单拷贝就是该基因在该生物基因组中只有一个,多则指有多个。
(一)在细菌细胞中，某种特定质粒的数目。根据复制特性，质粒分严紧型和松弛型两类，前者在细胞中只含1～2个，而后者含10～15个以上。恒定的拷贝数与质粒复制控制系统、宿主细胞遗传背景及生长条件有关。质粒复制控制系统首先通过调节复制的起始点来控制拷贝数，调节因素包括阻遏蛋白、反义RNA和某些顺向重复序列。有些质粒还有其他控制系统，如有分配功能的par系统和确保质粒稳定遗传的ccd系统。一旦质粒上与调控有关的基因或位点突变，可使拷贝数明显增加或减少。
(二)在细菌细胞中，某种特定基因的数目。
如何确定基因的拷贝数
基因拷贝数是指某一种基因或某一段特定的DNA序列在单倍体基因组中出现的数目。也可以简单理解为基因组上某个片段重复出现的次数
目前来说，研究基因拷贝数大部分都是是通过实验的方法进行验证，比方说FISH，绝对荧光定量，或者southern。而在生物信息邻域，如果该物种已经有比较完整的基因组，那么我们可以对目标的基因做一个全基因组的blast，匹配到几个区段，那么就有几个拷贝。
但是，如果该物种研究的不是太清楚，那么上述方法就显得比较粗糙
那么这次与大家分享的文献，是实验加生信分析综合来研究玉米中MATE1的基因拷贝数的，题目为:《PNAS: Copy Number Analysis in Maize Sheds Light on Tolerance for Acidic Soil》
这个故事是讲述玉米L53品系和Al237品系的MATE1基因的拷贝数来确定的，并且MATE1与AI处理有关
那么首先，作者利用FISH先确定MATE1基因的片段在染色体上的位置
当然，这只是大概的预估MATE1的位置，毕竟在染色体水平做FISH它的精度并不是很高
作者为了证明AI处理的确可以使得MATE1表达并且有明显的表型，作者利用GBS-seq分析MATE1的QTL情况，并且以不用AI处理作为control
作者利用BAC测序（大片段插入载体，筛选目标基因后进行测序），因此我们可以得知，Al237品系中MATE1有三个copies，而L53只有一个
拷贝数变异检测低深度正常吗
正常。根据查询拷贝数变异检测相关信息显示，低深度正常，拷贝数目变异也称拷贝数目多态，是一种大小介于1kb至3Mb的DNA片段的变异，在人类基因组中广泛分布，其覆盖的核苷酸总数大大超过单核苷酸多态性的总数，极大地丰富了基因组遗传变异的多样性。
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